Teórica 2

Alineamientos de secuencias y Sistemas de puntaje

Clase teórica de alineamientos de secuencias (de a pares), Algoritmos, Matrices.

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Búsquedas de Secuencias por Similitud

Clase teórica de búsquedas de secuencias por similitud: fuerza bruta (sin heurísticas), y heurísticas para reducir espacios de búsqueda: FASTA, BLAST.

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Material de lectura y consulta

• Needleman SB, Wunsch CD. (1970) A general method applicable to the search for similarities in the amino acid sequence of two proteins. J Mol Biol.48: 443-53 (PDF de estudio).
• Smith TF, Waterman MS. (1981) Identification of common molecular subsequences. J Mol Biol. 147:195-7 (PDF de estudio).
• Selecting the Right Similarity-Scoring Matrix. Pearson, W. R. (2013) Curr. Prot. Bioinformatics Chapter 3: Unit 3.5
• Sequence alignment