Teórica 7

Quimioinformática

Clase teórica de introducción al uso y análisis de moléculas químicas pequeñas en la computadora. Representacion digital y electrónica de moléculas, formatos, algoritmos de búsqueda de similitud quimica.

• Slides
• Video de clase pasada (el contenido puede no coincidir totalmente con la clase de este año!!)

Material de lectura y consulta

Cheminformatics kits, frameworks

• RDKit: Open Source Cheminformatics Software (Python, Java, C++, JavaScript)
• The Chemistry Development Kit (CDK) (Java)
• Open Babel: the chemistry toolbox (ejecutable: Windows, Linux, MacOSX)
• ChemFP -- very fast cheminformatics fingerprinting. (Python)

Books, Papers

• The RDKit Book (2023)
• Willighagen EL, et al. The Chemistry Development Kit (CDK), v2.0: atom typing, depiction, molecular formulas and substructure searching.J Cheminform. 2017 Jun 6;9(1):33.
• Noel M. O’Boyle, Michael Banck, Craig A. James, Chris Morley, Tim Vandermeersch, Geoffrey R. Hutchison. Open Babel: An open chemical toolbox. J. Cheminf. 2011, 3, 33.
• The ChemFP Project (2019).
• Essentials of Computational Chemistry (2004), 2^nd Ed, CJ Cramer. Wiley.
• Chemogenomics in Drug Discovery: A Medicinal Chemistry Perspective (2006). Edited by Hugo Kubinyi & Gerhard Müller, Wiley-VCH.
• Artificial Intelligence in Drug Discovery (2020). Edited by Nathan Brown. Royal Society of Chemistry.
• An Introduction to Chemoinformatics (2007). Andrew Leach and Valerie Gillet. Springer.