Teórica 9
Secuenciación y ensamblado de genomas
Clase teórica sobre métodos de secuenciación, ensamblado de genomas, mapeo de lecturas contra referencia, etc. Valores de calidad de base, cálculo de coberturas, algoritmos.
Material de lectura y consulta
- Compeau PEC, Pevzner PA, Tesler G. How to apply de Bruijn graphs to genome assembly. Nature Biotechnol 29: 987, 2011. PDF de estudio.
- Nagarajan, N., & Pop, M. (2013). Sequence assembly demystified. Nature Reviews Genetics, 14(3), 157–167. doi:10.1038/nrg3367. PDF de estudio.
- Rice, E. S., & Green, R. E. (2018). New Approaches for Genome Assembly and Scaffolding. Annual Review of Animal Biosciences, 7(1). doi:10.1146/annurev-animal-020518-115344. PDF de estudio.
Ribeiro FJ, Przybylski D, Yin S, et al. Finished bacterial genomes from shotgun sequence data. Genome Res. 2012 Nov;22(11):2270-7. doi:10.1101/gr.141515.112. PMID: 22829535; PMCID: PMC3483556.- Phred Quality Score
- K-mers
- N50, L50 and related statistics