Consignas del Trabajo Práctico Final
En este formulario pueden cargar el tema seleccionado para el trabajo final (Subir una respuesta por grupo).
Formulario para el tema del trabajo final
¿En qué consiste el trabajo final?
El trabajo final consistirá en el diseño y ejecución de un análisis quimioinformático a partir de un conjunto de datos seleccionado por cada grupo. El objetivo es aplicar de manera integrada las herramientas vistas durante el curso para abordar una pregunta relevante dentro del ámbito de la quimioinformática. El trabajo se realizará en grupos, utilizando Google Colab, e incluirá una presentación final y la entrega de una notebook comentada.
¿Qué tipo de datos pueden usar?
Cada grupo debe seleccionar y justificar un conjunto de datos relacionados con compuestos químicos. Algunas ideas posibles incluyen:
- Todos los compuestos ensayados contra un patógeno específico (por ejemplo, Mycobacterium tuberculosis, T. cruzi, etc.) en un tipo de bioensayo determinado.
- Todos los compuestos evaluados contra una enzima de interés (por ejemplo, inhibidores de una quinasa o una proteasa).
- Todos los compuestos incluidos en un bioassay específico de la base de datos ChEMBL o PubChem.
- Una biblioteca química publicada relacionada con una enfermedad o familia de compuestos.
- Otro conjunto de datos, siempre que su elección sea razonada y pueda justificarse desde el enfoque del trabajo.
¿Qué debe incluir el análisis?
El trabajo debe estar estructurado como un proyecto científico completo e incluir:
- Un marco teórico que contextualice la elección del conjunto de datos, el tipo de ensayo seleccionado y la problemática biológica o química que se busca abordar.
- Una hipótesis clara, acompañada de objetivos específicos.
- Una metodología detallada, que explique los pasos realizados y justifique las decisiones tomadas.
- Resultados analizados y visualizados con herramientas apropiadas.
- Conclusiones que retomen los objetivos e interpreten los hallazgos.
Durante el desarrollo del trabajo, deben incorporarse al menos una herramienta o técnica de cada una de las clases prácticas del curso, incluyendo:
- Obtención y manejo de datos químicos
- Cálculo de propiedades
- Similitud molecular y clustering
- Aplicaciones de machine learning
Esto permitirá demostrar la integración de los distintos contenidos abordados durante la materia.
¿Qué tipo de resultados se espera?
Se espera que los resultados obtenidos permitan priorizar un conjunto de compuestos con base racional, que podrían seleccionarse para su compra y posterior validación experimental. El análisis debe conducir a una selección informada de candidatos, basada en criterios como:
- Similitud estructural o diversidad química que los haga representativos o únicos dentro de la biblioteca.
- Propiedades fisicoquímicas compatibles con las características deseadas para un ensayo experimental.
- Presencia de grupos funcionales clave que los vinculen con un blanco biológico o mecanismo de acción.
- Predicciones de actividad biológica generadas por modelos de machine learning entrenados con datos relevantes.
No se busca una única respuesta correcta, sino una propuesta sólida, justificada y realista que demuestre la capacidad de integrar las herramientas del curso para apoyar decisiones en un contexto de descubrimiento temprano de compuestos activos.
¿Cómo armar la presentación?
La presentación debe reflejar el recorrido del grupo a lo largo del proyecto, mostrando tanto el enfoque como la implementación. Para eso, se recomienda incluir:
- Introducción y contexto: Breve descripción del problema, tipo de datos seleccionados y justificación de su elección.
- Hipótesis y objetivos: Qué se propusieron investigar o resolver y por qué.
- Metodología: Descripción de las herramientas y análisis utilizados, explicando brevemente por qué eligieron cada uno.
- Resultados: Visualizaciones claras, interpretación de los hallazgos y relación con los objetivos planteados.
- Conclusiones: Resumen de los principales aprendizajes, limitaciones del enfoque y posibles próximos pasos (por ejemplo, qué compuestos priorizarían para comprar o testear).
Es importante que todos los miembros del grupo comprendan el contenido y puedan participar de la exposición oral.
Si desean, pueden realizar la presentación usando diapositivas o presentar directamente desde la notebook en Google Colab, mostrando el código, los gráficos y los comentarios incluidos.
Se valorará especialmente:
- La claridad del razonamiento y la justificación de cada paso.
- El uso apropiado del código, bien comentado y organizado.
- La capacidad de conectar los análisis con una toma de decisión fundamentada.