Instructivo rápido de Bash para bioinformática

¿Qué es Bash?

Bash (Bourne Again SHell) es el intérprete de comandos que usamos en la terminal de Linux/Ubuntu. Permite navegar por el sistema, manipular archivos, ejecutar programas y automatizar tareas mediante scripts. En bioinformática, es la herramienta fundamental para procesar datos, lanzar pipelines y manejar archivos de secuenciación.

Comandos esenciales (tabla resumen)

Comando	Qué hace	Ejemplo
`pwd`	Muestra la ruta del directorio actual	`pwd` → `/home/usuario/proyecto`
`ls`	Lista el contenido de un directorio	`ls -lh` (detalles y tamaños legibles)
`cd`	Cambia de directorio	`cd datos/` (entra a `datos`) ; `cd ..` (sube un nivel)
`mkdir`	Crea un nuevo directorio	`mkdir resultados`
`rmdir`	Elimina un directorio vacío	`rmdir carpeta_vacia`
`rm`	Elimina archivos o directorios (con `-r`)	`rm archivo.txt` ; `rm -r carpeta/`
`cp`	Copia archivos o directorios	`cp archivo.txt backup/`
`mv`	Mueve o renombra archivos	`mv archivo.txt archivo_old.txt`
`head`	Muestra las primeras líneas de un archivo	`head -n 20 secuencias.fasta`
`tail`	Muestra las últimas líneas	`tail -n 5 log.txt`
`wc`	Cuenta líneas, palabras o caracteres	`wc -l archivo.txt` (número de líneas)
`cat`	Muestra el contenido completo de un archivo	`cat archivo.txt`
`less`	Permite ver un archivo página por página	`less archivo.fasta` (navegar con flechas, `q` para salir)
`grep`	Busca líneas que coinciden con un patrón	`grep "^>" secuencias.fasta` (cabeceras FASTA)
`wget`	Descarga archivos desde una URL	`wget https://ejemplo.com/datos.zip`
`echo`	Imprime texto en la terminal	`echo "Hola mundo"`
`awk`	Procesa texto por columnas	`awk '{print $1}' archivo.tsv` (primera columna)
`gunzip`	Descomprime archivos `.gz`	`gunzip archivo.fasta.gz`
`zcat`	Muestra el contenido de un `.gz` sin descomprimir	`zcat archivo.fasta.gz \| head`
`chmod`	Cambia permisos de archivos	`chmod +x script.sh` (habilita ejecución)
`./`	Ejecuta un script o programa en el directorio actual	`./script.sh`
`\|`	Tubería: envía la salida de un comando a otro	`grep "ERR" log.txt \| wc -l`
`>`	Redirige la salida a un archivo (sobrescribe)	`ls > lista.txt`
`>>`	Redirige la salida a un archivo (agrega al final)	`echo "nuevo" >> lista.txt`
`*`	Comodín que representa cualquier cadena	`ls *.fasta` (todos los FASTA)

Cómo ver los manuales de los comandos

En la terminal, todos los comandos tienen una ayuda integrada que explica su uso, opciones y ejemplos. Existen dos formas principales de consultarlos:

1. `man` (manual completo)

El comando man muestra la página de manual oficial del comando, con toda la documentación detallada.

man nombre_del_comando

Ejemplos:

man grep
man ls
man wget

Navegación: flechas o teclas AvPág / RePág.
Buscar: presionar / y escribir la palabra; n para siguiente coincidencia.
Salir: presionar q.

Nota: Algunos comandos de EMBOSS tienen su propia página de manual accesible con man (por ejemplo, man needle).

2. `--help` o `-h` (ayuda resumida)

Muchos comandos ofrecen una ayuda más corta y rápida con las opciones principales. Es muy útil para recordar sintaxis sin leer el manual completo.

comando --help
# o
comando -h

Ejemplos:

grep --help
wget -h
needle -help   # comando de EMBOSS

3. `whatis` y `apropos` (búsqueda de comandos)

Si no recordás el nombre exacto de un comando, podés buscar por palabra clave:

whatis comando → muestra una breve descripción del comando.
apropos palabra → lista todos los comandos relacionados con esa palabra.

whatis grep apropos alignment # útil para encontrar herramientas de alineamiento

Consejos prácticos para la terminal

Autocompletar con la tecla Tabulador para escribir rutas largas sin errores.
Historial de comandos: flecha arriba/abajo para recuperar comandos anteriores.
Copiar/pegar en la terminal: Ctrl+Shift+C / Ctrl+Shift+V (no Ctrl+C, que interrumpe el proceso).
Combinar comandos con tuberías (|) para filtros potentes. Ejemplo: cat archivo.log | grep "ERROR" | wc -l (cuenta cuántos errores hay).
Redirigir errores con 2>: wget URL 2> errores.txt guarda mensajes de error en un archivo.

Errores frecuentes y cómo solucionarlos

Error	Posible causa	Solución
`command not found`	El comando no está instalado o está mal escrito.	Verificá la ortografía o instalá el paquete necesario.
`No such file or directory`	La ruta o archivo no existe.	Usá `ls` y `pwd` para confirmar ubicación.
`Permission denied`	No tenés permisos para leer/ejecutar.	Usá `chmod +x` para scripts o `sudo` si es necesario (con cuidado).
`invalid option`	La opción que usaste no es válida.	Revisá `--help` o `man` para las opciones correctas.
Archivos con espacios en el nombre	El shell interpreta el espacio como separador.	Usá comillas: `cd "Mi Carpeta"` o escapa con `\`: `cd Mi\ Carpeta`.

Recomendaciones para bioinformática

Antes de cualquier análisis, verificar con pwd que estás en el directorio correcto.
Usar ls -lh para ver tamaños de archivos y fechas.
Para archivos comprimidos .gz, usar zcat o gunzip según necesites.
Siempre documentar los comandos utilizados (pueden guardarse en un script o en un archivo de registro).
Leer el manual (man) o la ayuda (--help) de las herramientas antes de usarlas, especialmente para conocer los parámetros de ventana, umbral, matrices, etc.

¡Practicá con estos comandos y no dudes en consultar los manuales siempre que lo necesites!