Teórica 2

Introducción a la Computación

Clase teórica sobre Algoritmos, Complejidad y conceptos computacionales esenciales.

Clase teórica de alineamientos de secuencias (de a pares). Algoritmos exactos, Dynamic programming. Sistemas de puntajes: Matrices PAM y BLOSUM.

Bioinformatics (2020). Edited by Baxevanis, Bader, Wishart. 4^th Edition, Wiley. Hay copia en el laboratorio de Bioinformática (IIB)
Needleman SB, Wunsch CD. (1970) A general method applicable to the search for similarities in the amino acid sequence of two proteins. J Mol Biol.48: 443-53. PDF de estudio.
Smith TF, Waterman MS. (1981) Identification of common molecular subsequences. J Mol Biol. 147:195-7. (PDF de estudio).
Dayhoff MO, Schwartz RM (1978) A model of evolutionary change in proteins. Atlas of Protein Sequences and Structures, 345–352. PDF de estudio
Henikoff S, Henikoff JG. Amino acid substitution matrices from protein blocks (1992). Proc Natl Acad Sci U S A. 89(22):10915-9. doi: 10.1073/pnas.89.22.10915. PMID: 1438297; PMCID: PMC50453.
Eddy SR. Where did the BLOSUM62 alignment score matrix come from? (2004) Nat Biotechnol. 22(8):1035-6. doi: 10.1038/nbt0804-1035. PMID: 15286655. PDF de estudio
Selecting the Right Similarity-Scoring Matrix. Pearson, W. R. (2013) Curr. Prot. Bioinformatics Chapter 3: Unit 3.5
Sequence alignment
Matrices BLOSUM